Assessment of the first commercial multiplex PCR kit (ParaGENIE Crypto-Micro Real-Time PCR) for the detection of Cryptosporidium spp., Enterocytozoon bieneusi, and Encephalitozoon intestinalis from fecal samples
Florent Morio
(1)
,
Philippe Poirier
(2)
,
Yohann Le Govic
(3)
,
Adrien Laude
(4)
,
Stephane Valot
(5)
,
Guillaume Desoubeaux
(6)
,
Nicolas Argy
(7)
,
Céline Nourrisson
(8)
,
Christelle Pomares
(9)
,
Marie Machouart
(10)
,
Frederic Dalle
(11)
,
Françoise Botterel
(12)
,
Nathalie Bourgeois
(13)
,
Estelle Cateau
(14)
,
Marion Leterrier
(1)
,
Jessica Beser
(15)
,
Rose-Anne Lavergne
(16)
,
Patrice Le Pape
(17)
1
CHU Nantes -
Centre Hospitalier Universitaire de Nantes
2 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
3 GEIHP - Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène
4 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (Institut de biologie, CHU de Nantes)
5 CHU Dijon
6 CHRU Tours - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours
7 MERIT - UMR_D 216 - Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique
8 LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
9 IP-TPT - Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques
10 CHRU Nancy - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy
11 Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon)
12 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
13 MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle
14 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Poitiers)
15 Public Health Agency of Sweden
16 CPTP - Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan
17 IICiMed - Cibles et Médicaments des Infections et de l'Immunité
2 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
3 GEIHP - Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène
4 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (Institut de biologie, CHU de Nantes)
5 CHU Dijon
6 CHRU Tours - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours
7 MERIT - UMR_D 216 - Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique
8 LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement
9 IP-TPT - Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques
10 CHRU Nancy - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy
11 Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon)
12 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie
13 MIVEGEC - Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle
14 Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Poitiers)
15 Public Health Agency of Sweden
16 CPTP - Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan
17 IICiMed - Cibles et Médicaments des Infections et de l'Immunité
Florent Morio
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1049989
- IdHAL : florent-morio
- ORCID : 0000-0002-5859-6105
- IdRef : 117992259
Philippe Poirier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763271
- ORCID : 0000-0001-9173-2634
- IdRef : 129374989
Yohann Le Govic
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1098063
- ORCID : 0000-0001-7686-4612
- IdRef : 257468021
Guillaume Desoubeaux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 953179
- ORCID : 0000-0001-7945-9890
- IdRef : 130306711
Nicolas Argy
- Fonction : Auteur
- PersonId : 782310
- ORCID : 0000-0002-0458-2664
- IdRef : 155847104
Céline Nourrisson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1220119
- IdHAL : celine-nourrisson
- ORCID : 0000-0002-4003-805X
Christelle Pomares
- Fonction : Auteur
- PersonId : 911645
Françoise Botterel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758331
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Estelle Cateau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 743008
- IdHAL : estelle-cateau
- ORCID : 0000-0003-4424-7606
- IdRef : 117829757
Rose-Anne Lavergne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 813871
- ORCID : 0000-0001-9339-1562
- IdRef : 170681807
Résumé
Cryptosporidium spp. Enterocytozoon bieneusi and Encephalitozoon intestinalis are opportunistic pathogens responsible for gastrointestinal diseases. We evaluated the ParaGENIE Crypto-Micro Real-Time PCR kit (Ademtech, France), the first CE-IVD compliant PCR assay available for these pathogens. This study was conducted blindly against a reference panel of 115 stool specimens including positive samples for Cryptosporidium spp. (n = 48) and E. bieneusi (n = 38) as well as negative or positive samples for other parasites to test for cross-reactivity. An additional set of samples corresponding to 8 rare Cryptosporidium species was also included. Discrepancies were evaluated with external in-house PCR tests. The ParaGENIE Crypto-Micro PCR assay displayed a sensitivity/specificity of 91.7%/100% and 97.3%/98.7% for Cryptosporidium spp. and E. bieneusi, respectively, and was able to detect all 12 Cryptosporidium species of the reference panel, including rare species. This new CE-IVD assay will facilitate the diagnosis of intestinal cryptosporidiosis and microsporidiosis, a major concern in immunocompromised patients and travelers.