Comparaison de réseaux de gènes pour explorer le rôle des transcrits anti-sens
Résumé
Understanding the regulation mechanisms in a cell is a key issue in bioinformatics. Westudy gene networks from apple data while integrating anti-sense transcripts. In order to ex-plore the role of anti-sense transcripts in gene networks, we propose to compare two networkscomputed by a conservative reverse engineering method. Thus we can explore which directinteractions are modified when anti-sense transcripts are considered by the inference method.Specific graph patterns involving those modifications reveal interesting sense and anti-senseactors.
Un des problèmes clés en bioinformatique est de comprendre les mé-canismes de régulation au sein d’une cellule. Notre travail concerne l’étude desréseaux de gènes chez le pommier, avec la particularité d’y intégrer les acteursencore mal connus que sont les ARN anti-sens. Pour explorer l’impact des trans-crits anti-sens, nous proposons ici la comparaison des deux réseaux obtenus parune méthode d’inférence très conservative. Nous pouvons ainsi étudier les in-teractions directes entre les gènes qui sont modifiées si l’on fait intervenir lestranscrits anti-sens dans la méthode d’inférence. Un ensemble de motifs caracté-ristiques autour de ces modifications permet de révéler des ensembles d’acteurssens et anti-sens intéressants.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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