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Article dans une revue
Pearl millet genome sequence provides a resource to improve agronomic traits in arid environments
Rajeev Varshney
Chengcheng Shi
Mahendar Thudi
Cédric Mariac
1
Jason Wallace
Peng Qi
He Zhang
Yusheng Zhao
Xiyin Wang
Abhishek Rathore
Rakesh Srivastava
Annapurna Chitikineni
Guangyi Fan
Prasad Bajaj
Somashekhar Punnuri
Sushim Gupta
Hao Wang
2
Yong Jiang
Marie Couderc
Mohan Katta
Dev Paudel
K Mungra
Wenbin Chen
Karen Harris-Shultz
Vanika Garg
Neetin Desai
Dadakhalandar Doddamani
Ndjido Kane
3
Joann Conner
Arindam Ghatak
Palak Chaturvedi
Sabarinath Subramaniam
Om Yadav
Cécile Berthouly-Salazar
Falalou Hamidou
Jianping Wang
Xinming Liang
Jeremy Clotault
4
Hari Upadhyaya
Philippe Cubry
5
Bénédicte Rhoné
1, 6
Mame Gueye
Ramanjulu Sunkar
Christian Dupuy
7
Francesca Sparvoli
Shifeng Cheng
R Mahala
Bharat Singh
Rattan Yadav
Eric Lyons
Swapan Datta
C Tom Hash
Katrien Devos
Edward Buckler
Jeffrey Bennetzen
Andrew Paterson
Peggy Ozias-Akins
Stefania Grando
Jun Wang
8
Trilochan Mohapatra
Wolfram Weckwerth
Jochen Reif
Xin Liu
9
Yves Vigouroux
1
Xun Xu
2
NACHOS - Numerical modeling and high performance computing for evolution problems in complex domains and heterogeneous media
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée , JAD - Laboratoire Jean Alexandre Dieudonné : UMR6621
Xun Xu
Auteur
1
UMR DIADE - Diversité, adaptation, développement des plantes (Centre IRD de Montpellier 911 av Agropolis BP 604501 34394 Montpellier cedex 5 - France)
- IRD [France-Sud] - Institut de Recherche pour le Développement : 232 (911 avenue Agropolis, BP 64501 34394 Montpellier cedex 5 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique (France)
- UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR100 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
2
NACHOS - Numerical modeling and high performance computing for evolution problems in complex domains and heterogeneous media (INRIA, NACHOS project-team 2004 Route des Lucioles, B.P. 93 06902 Sophia Antipolis Cedex, France - France)
- CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (2004 route des Lucioles BP 93 06902 Sophia Antipolis - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- JAD - Laboratoire Jean Alexandre Dieudonné : UMR6621 (Université Côte d'Azur U.M.R. no 7351 du C.N.R.S. Parc Valrose 06108 Nice Cedex 02 France - France)
- UCA - Université Côte d'Azur (Parc Valrose, 28 avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
- UNS - Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (Parc Valrose - BP 2135 - 06103 Nice cedex 2 - France)
- COMUE UCA - COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (Parc Valrose, 28 avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7351 (France)
3
ISRA - Institut Sénégalais de Recherches Agricoles [Dakar] (Rte des hydrocarbures, Dakar - Sénégal)
4
IRHS - Institut de Recherche en Horticulture et Semences (AGROCAMPUS OUEST, UMR1345 IRHS, F-49045 Angers, France - France)
- UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
- AGROCAMPUS OUEST (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1345 (France)
5
URFM - Unité de Recherches Forestières Méditerranéennes ( Centre de recherche d'Avignon - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0629 (France)
6
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
7
IMAF - Institut des Mondes Africains (IMAF - CNRS
3e étage - pièce 324
27 rue Paul Bert
94204 Ivry-sur-Seine cedex - France)
- UP1 - Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (12 place du Panthéon - 75231 Paris Cedex 05 - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement : UMR8171 (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- EHESS - École des hautes études en sciences sociales (54, boulevard Raspail 75006 Paris - France)
- EPHE - École pratique des hautes études (4-14 Rue Ferrus, 75014 Paris - France)
- PSL - Université Paris sciences et lettres (60 rue Mazarine 75006 Paris - France)
- AMU - Aix Marseille Université : UMR8171 (Aix-Marseille Université Jardins du Pharo 58 Boulevard Charles Livon 13284 Marseille cedex 7 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8171 (France)
8
UME - Unité de Mécanique (828, boulevard des Maréchaux 91762 Palaiseau Cedex - France)
- ENSTA Paris - École Nationale Supérieure de Techniques Avancées (828, boulevard des Maréchaux 91762 Palaiseau Cedex - France)
9
State Key Laboratory of Fine Chemicals (Department of Materials Science and Chemical Engineering, Dalian Universtiy of Technology, Dalian 116012 PR China - Chine)
Abstract : Pearl millet [Cenchrus americanus (L.) Morrone] is a staple food for more than 90 million farmers in arid and semi-arid regions of sub-Saharan Africa, India and South Asia. We report the ~1.79 Gb draft whole genome sequence of reference genotype Tift 23D2B1-P1-P5, which contains an estimated 38,579 genes. We highlight the substantial enrichment for wax biosynthesis genes, which may contribute to heat and drought tolerance in this crop. We resequenced and analyzed 994 pearl millet lines, enabling insights into population structure, genetic diversity and domestication. We use these resequencing data to establish marker trait associations for genomic selection, to define heterotic pools, and to predict hybrid performance. We believe that these resources should empower researchers and breeders to improve this important staple crop.
Keywords :
Agricultural genetics
Next-generation sequencing
Type de document :
Article dans une revue
Domaine :
Liste complète des métadonnées
https://hal.univ-angers.fr/hal-02516604
Contributeur : Okina Université d'Angers <>
Soumis le : vendredi 14 mai 2021 - 16:53:43
Dernière modification le : mardi 20 juillet 2021 - 17:20:04
Archivage à long terme le : : dimanche 15 août 2021 - 18:28:37
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Dernière modification le : mardi 20 juillet 2021 - 17:20:04
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Fichier
nbt.3943.pdf
Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
Identifiants
- HAL Id : hal-02516604, version 1
- DOI : 10.1038/nbt.3943
- IRD : fdi:010071241
- OKINA : ua16229
- PUBMED : 28922347
- WOS : 000412764600021
Collections
UNICE | UNIV-MONTPELLIER | MMSH | UNIV-PARIS1 | UNIV-LYON1 | CIRAD | INRIA | UNIV-COTEDAZUR | CAMPUS-CONDORCET | UDL | AGROPOLIS | BIOENVIS | IRHS | ENSTA_UME | EPHE | UNIV-ANGERS | UNIV-AMU | PSL | CNRS | UNAM | DIEUDONNE | INRA | EHESS | BA | INRAE | IRD
Citation
Rajeev Varshney, Chengcheng Shi, Mahendar Thudi, Cédric Mariac, Jason Wallace, et al.. Pearl millet genome sequence provides a resource to improve agronomic traits in arid environments. Nature Biotechnology, Nature Publishing Group, 2017, 35, pp.969-976. ⟨10.1038/nbt.3943⟩. ⟨hal-02516604⟩
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