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La présente invention est relative à un procédé de dépistage de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli dans un échantillon biologique comprenant une étape de détection de la présence éventuelle d'une combinaison de deux gènes, ladite combinaison comprenant le gène AvrBsT et un gène choisi parmi le gène Xac3090, le gène XopP et le gène AvrXccB dans ledit échantillon. La présente invention a également pour objet des acides nucléiques utilisables en tant que sondes ou amorces pour la détection de ce pathovar dans un échantillon biologique et un kit de dépistage contenant au moins un desdits acides nucléiques.