Algorithm-based prediction of HIV-1 subtype D coreceptor use

Julia Dina; Stephanie Raymond; Anne Maillard; Hélène Le Guillou-Guillemette; Audrey Rodalec; Agnès Beby-Defaux; Genevieve Giraudeau; Sophie Vallet; Thomas Mourez; Christopher Payan; Astrid Vabret; Annick Ruffault; Virginie Ferre; Jacques Izopet; Jean-Christophe Plantier

doi:10.1128/JCM.00798-13

Article dans une revue

Algorithm-based prediction of HIV-1 subtype D coreceptor use

Julia Dina ¹ Stephanie Raymond ^{2, 3, 4} Anne Maillard Hélène Le Guillou-Guillemette ⁵ Audrey Rodalec Agnès Beby-Defaux ⁶ Genevieve Giraudeau Sophie Vallet ⁷ Thomas Mourez ^{8, 9} Christopher Payan ⁷ Astrid Vabret ¹ Annick Ruffault ¹⁰ Virginie Ferre ¹¹ Jacques Izopet ¹² Jean-Christophe Plantier ⁸

1 U2RM - Unité de Recherche Risques Microbiens

2 CPTP - Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan

3 UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier

4 Laboratoire de Virologie

5 HIFIH - Hémodynamique, Interaction Fibrose et Invasivité tumorales Hépatiques

6 CHU Poitiers - Centre hospitalier universitaire de Poitiers

7 LUBEM - Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne

8 Laboratoire de virologie [Rouen]

9 GRAM 2.0 - Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne

10 Unité de Rétrovirologie

11 CHU Nantes - Centre hospitalier universitaire de Nantes

12 CHU Toulouse [Toulouse]

Abstract :

We compared the coreceptor tropism-predicting performance of a specific genotypic algorithm for HIV-1 subtype D and that of the geno2pheno algorithm with different cutoffs. The D-specific algorithm and geno2pheno with a false-positivity rate cutoff of 2.5% had the same concordance with the phenotypic determination. The geno2pheno algorithm with a false-positivity rate cutoff of 2.5%, more sensitive but slightly less specific, seems to be an appropriate alternative.

Keywords : Algorithms Computational Biology Genotype HIV-1 Humans Molecular Sequence Data Receptors HIV RNA Viral Sensitivity and Specificity Sequence Analysis DNA Viral Tropism Virus Attachment

Type de document :

Article dans une revue

Domaine :

Sciences du Vivant [q-bio]

Liste complète des métadonnées

https://hal.univ-angers.fr/hal-03269741
Contributeur : Okina Univ Angers Connectez-vous pour contacter le contributeur
Soumis le : jeudi 24 juin 2021 - 11:35:09
Dernière modification le : lundi 28 mars 2022 - 16:58:03

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