 |
Article dans une revue
Algorithm-based prediction of HIV-1 subtype D coreceptor use
Julia Dina
1
Stephanie Raymond
2, 3, 4
Anne Maillard
Hélène Le Guillou-Guillemette
5
Audrey Rodalec
Agnès Beby-Defaux
6
Genevieve Giraudeau
Sophie Vallet
7
Thomas Mourez
8, 9
Christopher Payan
7
Astrid Vabret
1
Annick Ruffault
10
Virginie Ferre
11
Jacques Izopet
12
Jean-Christophe Plantier
8
Julia Dina 1
Auteur
Stephanie Raymond 2, 3, 4
Auteur Etablissement employeur : Université Toulouse III - Paul Sabatier
Anne Maillard
Auteur
Hélène Le Guillou-Guillemette 5
Auteur
Thomas Mourez 8, 9
Auteur
Christopher Payan 7
Auteur
Astrid Vabret 1
Auteur
Annick Ruffault 10
Auteur
Virginie Ferre 11
Auteur
Jacques Izopet 12
Auteur Etablissement employeur : Université Toulouse III - Paul Sabatier
Jean-Christophe Plantier 8
Auteur
1
U2RM - Unité de Recherche Risques Microbiens (Esplanade de la paix - CS 14032 14032 Caen cedex 5 - France)
- UNICAEN - Université de Caen Normandie : EA 4655 (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 CAEN Cedex 5 - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
2
CPTP - Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (Hôpital de Purpan Place du Docteur Baylac 31024 TOULOUSE CEDEX 3 - France)
- UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1043 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5282 (France)
3
UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
4
Laboratoire de Virologie (Toulouse, F-31300 France - France)
- CHU Toulouse [Toulouse] (Hôtel-Dieu Saint Jacques 2, rue Viguerie TSA 80035 31059 Toulouse cedex 9 - France)
- Hôpital Purpan [Toulouse] (Place du Docteur Baylac
TSA 40031
31059 Toulouse cedex 9 - France)
- CHU Toulouse [Toulouse] (Hôtel-Dieu Saint Jacques 2, rue Viguerie TSA 80035 31059 Toulouse cedex 9 - France)
5
HIFIH - Hémodynamique, Interaction Fibrose et Invasivité tumorales Hépatiques (Institut de Biologie en Santé, Iris 4 Rue Larrey, CHU, 49933 Angers - France)
- UA - Université d'Angers : EA3859 (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
6
CHU Poitiers - Centre hospitalier universitaire de Poitiers (2 Rue de la Milétrie, 86021 Poitiers - France)
7
LUBEM - Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (ESIAB - Parvis Blaise Pascal - Technopôle Brest-Iroise - 29280 Plouzané - France)
- UBO - Université de Brest : EA3882 (Université de Bretagne Occidentale - 3 Rue des Archives 29238, Brest - France)
8
Laboratoire de virologie [Rouen] (1 rue de Germont 76031 Rouen Cedex - France)
- UNIROUEN - Université de Rouen Normandie (1, rue Thomas Becket 76821 Mont-Saint-Aignan Cedex - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
- Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène (France)
- Hôpital Charles Nicolle [Rouen] (CHU de Rouen 1 rue de Germont, 76031 Rouen cedex - France)
- CHU Rouen (1, rue de Germont 76031 Rouen cedex - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
9
GRAM 2.0 - Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne (22 Bd Gambetta
76183 ROUEN CEDEX - France)
- UNIROUEN - Université de Rouen Normandie : EA 2656 (1, rue Thomas Becket 76821 Mont-Saint-Aignan Cedex - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
- UNICAEN - Université de Caen Normandie (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 CAEN Cedex 5 - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
10
Unité de Rétrovirologie (2 rue Henri Le Guilloux 35033 RENNES cedex 9 - France)
- Hôpital Pontchaillou (France)
11
CHU Nantes - Centre hospitalier universitaire de Nantes (1 Place Alexis-Ricordeau, 44000 Nantes - France)
12
Hôpital Purpan [Toulouse] (Place du Docteur Baylac
TSA 40031
31059 Toulouse cedex 9 - France)
- CHU Toulouse [Toulouse] (Hôtel-Dieu Saint Jacques 2, rue Viguerie TSA 80035 31059 Toulouse cedex 9 - France)
Abstract :
We compared the coreceptor tropism-predicting performance of a specific genotypic algorithm for HIV-1 subtype D and that of the geno2pheno algorithm with different cutoffs. The D-specific algorithm and geno2pheno with a false-positivity rate cutoff of 2.5% had the same concordance with the phenotypic determination. The geno2pheno algorithm with a false-positivity rate cutoff of 2.5%, more sensitive but slightly less specific, seems to be an appropriate alternative.
Type de document :
Article dans une revue
Domaine :
Liste complète des métadonnées
https://hal.univ-angers.fr/hal-03269741
Contributeur : Okina Université d'Angers <>
Soumis le : jeudi 24 juin 2021 - 11:35:09
Dernière modification le : vendredi 9 juillet 2021 - 04:25:04
Contributeur : Okina Université d'Angers <>
Soumis le : jeudi 24 juin 2021 - 11:35:09
Dernière modification le : vendredi 9 juillet 2021 - 04:25:04
Lien texte intégral
Identifiants
- HAL Id : hal-03269741, version 1
- DOI : 10.1128/JCM.00798-13
- OKINA : ua12892
Collections
UNIV-ANGERS | UNIV-BREST | UNIV-TLSE3 | UNIROUEN | UNICAEN | GRAM | CNRS | HIFIH | COMUE-NORMANDIE | INFINITY | IBSAM | LUBEM
Citation
Julia Dina, Stephanie Raymond, Anne Maillard, Hélène Le Guillou-Guillemette, Audrey Rodalec, et al.. Algorithm-based prediction of HIV-1 subtype D coreceptor use. Journal of Clinical Microbiology, 2013, 51 (7), pp.3087-3089. ⟨10.1128/JCM.00798-13⟩. ⟨hal-03269741⟩
Métriques
Consultations de la notice
